Los libros de Nuevo Encuentro desarrollan la metodología eclesial del «Ver, juzgar, actuar, celebrar y evaluar», utilizando, para ello, las metodologías más actuales en educación: las inteligencias múltiples, el trabajo cooperativo, etcétera. De esta forma, se responde a la doble identidad del área de Religión y Moral Católica: ser un área curricular y confesional.
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Los contenidos de Nuevo Encuentro se han distribuido combinando unidades y talleres de investigación. Las primeras suponen una metodología más tradicional, mientras que los segundos, relacionados con los tiempos litúrgicos, presentan una forma de trabajar más innovadora.